Для того чтобы разнести оплаты по заказам, если предоплата проведена по безналу, а доплата по наложенному платежу наличными, необходимо выполнить следующие шаги: 

1. Переходим в блок Контрагенты раздел Все, и выбираем необходимого контрагента — Покупателя.

2. После открытия карточки контрагента (покупателя), на основе одного из договоров, создаем документ "Заказ — счет покупателю".

В информационном поле документа Оплата, указываем оплату с частичной отсрочкой.  

Подробнее, как создать данный документ, читайте в статье: Создание документа "Заказ-счет покупателю"

3. Далее, на основе документа "Заказ — счет покупателю" создаем документ "Оплата от покупателя".

Проводим оплату по заказу, первую часть суммы получаем безналичным способом, на тот счет, который нам необходим. 

Подробнее как создать данный документ, читайте статью: Создание документа "Оплата от покупателя".

4. Далее, переходим в блок Справочники раздел Банки/Расчетные счета, и создаем виртуальный расчетный счет и называем его, к примеру — Наложенный платеж.

Подробнее как создать расчетный счет читайте статью: Справочник Банки/Расчетные счета